上海地区牛腹泻相关病毒的检测及分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2026.02.038

摘要/Abstract

摘要：

目的了解上海地区牛腹泻相关病毒的流行情况，为牛腹泻的防控工作提供科学依据。方法应用RT-PCR方法对上海地区115份腹泻牛肛拭子样品进行牛轮状病毒（BRV）、牛肠道病毒（BEV）、牛冠状病毒（BCoV）、牛病毒性腹泻病毒（BVDV）检测，并对阳性病原部分基因序列进行测序和遗传进化分析。结果 115份腹泻牛肛拭子样品BRV、BEV和BCoV检出率相同，均为1.74%（2/115），且均为单一感染；BVDV未检出。基于BRV VP7和VP4基因的遗传进化分析结果显示，检出的2株BRV的VP7基因与加拿大株FMV1078090相似性最高，为94.1%，与美国人源轮状病毒株3000015004亲缘关系较近，均属于G6型；VP4基因与中国株HB-3相似性最高，为98.2%，均属于P［11］型，因此2株BRV基因型为G6P［11］。基于BEV 5'-UTR基因的遗传进化分析结果显示，检出的2株BEV中1株与德国株D8-01相似性最高，为90.6%，同属于E型；1株与美国株Wye 8875相似性最高，为93.5%，同属于F型；2株BEV与中国流行株的亲缘关系均较远。基于BCoV N基因的遗传进化分析结果显示，检出的2株BCoV与大多数中国株和美国株聚为一个大的分支，均处于GⅡb基因群，亲缘关系较近，与美国株Mebus和疫苗株BC94亲缘关系较远。结论 BRV、BEV和BCoV是引起上海地区牛腹泻的主要病毒性病原，其中BRV流行基因型为G6P［11］型，BEV流行基因型为E和F型，BCoV流行基因型为GⅡb型。本研究为上海地区牛腹泻防控策略的制定提供了科学依据。

关键词: 牛; 腹泻相关病毒; RT-PCR检测; 遗传进化分析

Abstract:

Objective This study was conducted to understand the epidemic situation of bovine diarrhea-related viruses in Shanghai， and to provide a scientific basis for the prevention and control of bovine diarrhoeal disease. Method RT-PCR method was applied to detect Bovine rotavirus （BRV）， Bovine enterovirus （BEV）， Bovine coronavirus （BCoV） and Bovine viral diarrhea virus （BVDV） from 115 anal swab samples of diarrheal cattle in Shanghai area， and the gene sequences of some positive pathogens were sequenced and analyzed for genetic evolution. Result BRV， BEV and BCoV were detected in 115 anal swab samples from diarrheal cattle， with detection rate of 1.74% （2/115） for each， and the infection types of the detected viruses were all single infections. BVDV was not detected. The genetic evolution analysis results based on BRV VP7 and VP4 genes showed that the VP7 genes of the two detected BRV strains had the highest similarity with the Canadian strain FMV1078090， which was 94.1%， and were closely related to the American Human rotavirus strain 3000015004， both belonged to type G6. The VP4 gene had the highest similarity with Chinese strain HB-3， which was 98.2%， and both belonged to type P［11］. Therefore， the BRV genotypes of the two strains were G6P［11］. The genetic evolution analysis results based on the BEV 5'-UTR gene showed that among the two detected BEV strains， one had the highest similarity to the German strain D8-01， which was 90.6%， and both belonged to type E. The other had the highest similarity to the American strain Wye 8875， which was 93.5%， and both belonged to type F. Moreover， both BEV strains were distantly related to the prevalent strains in China. The results of genetic evolution analysis based on the BCoV N gene showed that the two detected BCoV strains clustered into a large branch with most Chinese and American strains， both belonged to the GⅡb gene group and had a close genetic relationship， while had a distant genetic relationship with the American strain Mebus and the vaccine strain BC94. Conclusion BRV， BEV and BCoV were the main viral pathogens associated with bovine diarrhea in Shanghai， among which the prevalent genotype of BRV was G6P［11］， the epidemiological genotypes of BEV were E and F， and the prevalent genotype of BCoV was GⅡb. This study provided a scientific basis for the formulation of prevention and control strategies for bovine diarrheal disease in Shanghai.

Key words: bovine; diarrhea-related viruses; RT-PCR detection; genetic and evolutionary analysis

中图分类号:

S852.65^＋3

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图/表 13

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参考文献 30

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基因 Genes	引物序列 Primer sequences （5'→3'）	产物长度 Product length/bp	退火温度 Anenaling temperature/℃
BRV VP6	F：CAAGATTGTCGAAGGC	532	55
	R：GAATCCAGCGACCTGA
BEV 5'-UTR	F：CCTTTGTACGCCTGTTTTCCCCACC	497	55
	R：ACACGCCCGGAGGTTAGGATTAGCA
BCoV N	F：CGATCAGTCCGACCAATCTA	597	55
	R：GAGGTAGGGGTTCTGTTGCC
BVDV 5'-UTR	F：GAAGGCCGAAAAGAGGCTA	302	55
	R：CATGTGCCATGTACAGCAGAG
BRV VP7	F：ATGTATGGTATTGAATATACCAC	885	50
	R：AACTTGCCACCATTTTTTCC
BRV VP4	F：TGGCTTCGCTCATTTATAGACA	877	50
	R：ATTTCGGACCATTTATAACC