青海高原牦牛PRDM16基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.02.011

›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (2): 363-370.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.02.011

青海高原牦牛PRDM16基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

赵生军^1,2, 张勇², 郭宪¹

1. 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所, 甘肃省牦牛繁育工程重点实验室, 兰州 730050;
2. 甘肃农业大学动物医学院, 兰州 730070

收稿日期:2015-07-07 出版日期:2016-02-20 发布日期:2016-03-02
通讯作者: 郭宪 E-mail:guoxian@caas.cn
作者简介:赵生军(1989-),男,青海互助人,硕士,研究方向:临床兽医学,E-mail:zhaoshengjun8@126.com
基金资助:
国家自然科学基金(31301976);国家科技支撑计划项目子课题(2013BAD16B09);现代农业(肉牛牦牛)产业技术体系建设专项(CARS-38)

Cloning,Bioinformatics and Tissue Differential Expression Analysis of PRDM16 Gene in Qinghai Plateau Yak

ZHAO Sheng-jun^1,2, ZHANG Yong², GUO Xian¹

1. Key Laboratory of Yak Breeding Engineering of Gansu Province, Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730050, China;
2. College of Veterinary Medicine, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China

Received:2015-07-07 Online:2016-02-20 Published:2016-03-02

摘要/Abstract

摘要： 本研究对青海高原牦牛PRDM16 (PR domain containing 16)基因部分编码区进行克隆及生物信息学分析,同时对PRDM16基因在雌、雄牦牛背最长肌肌肉组织中的表达差异进行了分析.选取雌、雄青海高原牦牛各5头,屠宰后采集背最长肌肌肉组织,克隆牦牛PRDM16基因部分CDS区序列,分析其生物信息学特征;应用实时荧光定量PCR技术检测PRDM16基因在雌、雄牦牛肌肉组织中表达水平.结果显示:克隆所得片段序列长323 bp,与黄牛同源性为100%,编码99个氨基酸,具有MDS1-EVI1(complex locus protein MDS1)家族蛋白功能,具有CATH蛋白功能活性,包含卷曲螺旋等典型结构域,与人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1有20%的相似性;PRDM16基因在雌性牦牛肌肉组织中表达水平极显著高于雄性牦牛(P<0.01).本试验结果为进步一研究青海高原牦牛PRDM16基因奠定了基础,为牦牛肉品质分析提供参考.

关键词: 青海高原牦牛; PRDM16基因; 背最长肌; 基因表达

Abstract: In this study,the part coding region of PRDM16 gene of the Qinghai plateau yak was cloned and its bioinformatics and differential expression of PRDM16 gene of muscle tissue were analyzed in different sex individual.The PRDM16 gene part of CDS region was cloned from the longissimus dorsi muscle tissue of Qinghai plateau yak,analyzed its characteristics of bioinformatics and detected gene expression levels of different sex individuals in muscle tissue by Real-time PCR.The results showed that the sequence length of the cloned fragment was 323 bp,the homology between Qinghai plateau yak and cattle was 100%.It encoded 99 amino acids,containing domains of MDS1-EVI1 (complex locus protein MDS1) family proteins function,CATH protein function and typical structure of the curly spiral.PRDM16 protein was 20% of the similarity with people methyltransferase protein domain PR protein 1.PRDM16 gene expression of female yak was significantly higher than male yak's in longissimus dorsi muscle tissue (P<0.01).The test results provided not only research foundation for genetic progress but also technical references for yak meat quality analysis.

Key words: Qinghai plateau yak; PRDM16 gene; longissimus dorsi; gene expression

中图分类号:

赵生军, 张勇, 郭宪. 青海高原牦牛PRDM16基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析[J]. , 2016, 43(2): 363-370.

ZHAO Sheng-jun, ZHANG Yong, GUO Xian. Cloning,Bioinformatics and Tissue Differential Expression Analysis of PRDM16 Gene in Qinghai Plateau Yak[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2016, 43(2): 363-370.

参考文献

[1] 孔祥颖,张丽,保善科,等.放养过程中补饲对青海高原牦牛产肉能力及肉品质的影响[J].中国畜牧兽医,2015,42(1):104-108.
[2] Huang X D,Tan H Y,Long R,et al.Comparison of methanogen diversity of yak (Bos grunniens) and cattle (Bos taurus) from the Qinghai-Tibetan plateau,China[J].BMC Microbiology,2013,12:237-247.
[3] 杨雪蓉,陈代文,余冰,等.PRDM16的研究进展[J].动物营养学报,2010,22(6):1477-1481.
[4] Hohenauer T,Moore A W.The prdm family:Expanding roles in stem cells and development[J].Development,2012,139(13):2267-2282.
[5] Kajimura S,Seale P,Tomaru T,et al.Regulation of the brown and white fat gen programs through a PRDM16/CtBP transcriptional complex[J].Genes Dev,2008,22(10):1397-1409.
[6] Cristancho A G,Schupp M,Lefterova M I,et al.Repressor transcription factor 7-like 1 promotes adipogenic competency in precursor cells[J].Proc Nati Acad USA,2011,108(39):16271-16276.
[7] Lee J E,Ge K.Transcriptional and epigenetic regulation of PPARγ expression during adipogenesis[J].Cell Biosci,2014,4:29-39.
[8] Chuikov S,Levi B P,Smith M L,et al.PRDM16 promotes stem cell maintenance in multiple tissues,partly by regulating oxidative stress[J].Natural Cell Biology,2010,12(10):999-1006.
[9] Yoshida M,Nosaka K,Yasunaga J,et al.Aberrant expression of the MEL1S gene identified in association with hypomethylation in adult T-cell leukemia cells[J].Blood,2004,103(7):2753-2760.
[10] DiZazzo E,De Rosa C,Abbondanza C,et al.PRDM proteins:Molecular mechanisms in signal transduction and transcriptional regulation[J].Biology,2013,2(1):107-141.
[11] Herz H M,Garruss A,Shilatifard A.SET for life:Biochemical activities and biological functions of SET domain-containing proteins[J].Trends in Biochemical Sciences,2013,38(12):621-639.
[12] Lanouette S,Mongeon V,Figeys D,et al.The functional diversity of protein Iysine methylation[J].Molecular Systems Biology,10(4):724-749.
[13] Farmer S R.Brown fat and skeletal muscle:Unlikely cousins[J].Cell,2008,134(5):726-727.

[1]	任灏, 朱怡轩, 晁婷婷, 王孝义, 鲁绍雄, 杨永立, 陈强, 李明丽. 不同生长速度撒坝猪背最长肌lncRNA筛选与功能预测[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2494-2505.
[2]	杜佳文, 任文义, 徐晓锋, 张力莉. 不同生长阶段滩羊背最长肌转录组比较[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(3): 1011-1021.
[3]	王泳, 那日苏, 梁建勇, 刘洋, 李九月, 高源, 田丰, 薛树媛. 槲皮素对蒙古羊卵泡发育、卵泡液微环境及卵巢类固醇生成相关基因表达的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(3): 1150-1158.
[4]	沈阳阳, 安振江, 高林娜, 夏淑雯, 陈坤琳, 丁强, 高运东, 薛金果, 仲跻峰, 王慧利. 不同嫩度徐州牛肌肉转录组比较分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(2): 522-533.
[5]	黄永棚, 冉雪琴, 牛熙, 李升, 黄世会, 王嘉福. 宰后猪肉成熟过程中基因表达变化及其与肉品质的相关性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(4): 1573-1581.
[6]	肖鹏, 尚江华, 杨春艳, 李孟琪, 段安琴, 马小娅, 冯超, 黄晨茜, 张博, 周金陈, 韦科龙, 郑威, 郑海英. α-亚麻酸对水牛卵巢颗粒细胞体外培养的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2380-2387.
[7]	杜佳文, 任文义, 康燕, 徐晓锋, 张力莉. 不同月龄滩羊肌肉组织转录组比较及脂肪酸分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(12): 4925-4934.
[8]	朱翠, 黄凯勇, 李丽娜, 吴爱基, 吴鹏, 符芳苗, 罗苑华, 张辉华. 小檗碱对黄羽肉鸡器官指数、抗氧化能力和肠道免疫功能的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 932-941.
[9]	史卓言, 刘小平, 冀祥, 楚潇然, 侯俊杰, 宋祯, 李晓霞, 杨又兵, 张古栾, 王建平, 文凤云. 豫西黑猪不同屠宰体重肌纤维组织学及成肌调控基因发育性变化[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(12): 4582-4592.
[10]	张军霞, 贺娜, 李明明, 吕彩玲, 崔亚杰, 郎侠, 王彩莲. 藏羊MSTN基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(11): 4307-4317.
[11]	郑海英, 杨春艳, 李玲玉, 唐丽萍, 郑威, 尚江华. 白藜芦醇对体外培养的水牛卵丘细胞增殖活力及其相关基因mRNA表达的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(1): 208-215.
[12]	丁浩, 林月月, 张涛, 张闪闪, 吴玉麟, 段严军, 巩用双, 谢恺舟, 王金玉, 戴国俊, 张跟喜. m6A甲基化在鸡肌肉生长发育中的表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1525-1534.
[13]	李倩文, 杨榛, 杨雅楠, 王正文, 文禹粱, 蔡原, 赵生国. 冬夏两季环境温度对藏猪生理特征及相关基因表达的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(3): 873-881.
[14]	唐娜, 江俊才, 王梦迪, 茶学典, 张永云, 杨忠, 李卫真. 不同乳脂率德宏奶水牛乳腺组织脂滴形成相关基因的表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(12): 4545-4553.
[15]	吴俊哲, 徐学玉, 吴德, 车炼强, 方正锋, 冯斌, 徐盛玉, 李健, 卓勇, 林燕, 陶智勇. 母猪妊娠期不同能量水平对后代公猪生长性能、睾丸发育与免疫的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(11): 3962-3974.

青海高原牦牛PRDM16基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

Cloning,Bioinformatics and Tissue Differential Expression Analysis of PRDM16 Gene in Qinghai Plateau Yak

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价