小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (12): 20-24.

小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析

郭兴¹, 刘楠楠¹, 陈晓峰¹, 张文惠², 胡盼¹, 李岩松¹, 李兆辉¹, 王光明¹, 卢士英¹, 周玉¹, 柳增善¹, 任洪林¹

1. 人兽共患病研究教育部重点实验室, 吉林大学人兽共患病研究所, 吉林大学动物医学学院, 吉林长春 130062;
2. 福建省亚热带植物研究所, 福建厦门 361006

收稿日期:2014-07-21 出版日期:2014-12-20 发布日期:2014-12-25
通讯作者: 任洪林 E-mail:renhl@jlu.edu.cn
作者简介:郭兴(1989－),男,辽宁人,硕士,研究方向:兽医公共卫生.
基金资助:
国家自然科学基金(30901070).

Cloning and Bioinformatics Analysis of Interleukin 1 Beta Full-length cDNA of Small-tailed Han Sheep

GUO Xing¹, LIU Nan-nan¹, CHEN Xiao-feng¹, ZHANG Wen-hui², HU Pan¹, LI Yan-song¹, LI Zhao-hui¹, WANG Guang-ming¹, LU Shi-ying¹, ZHOU Yu¹, LIU Zeng-shan¹, REN Hong-lin¹

1. Key Laboratory of Zoonosis Research, Ministry of Education, Institute of Zoonosis, College of Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun 130062, China;
2. Fujian Institute of Subtropical Botany, Xiamen 361006, China

Received:2014-07-21 Online:2014-12-20 Published:2014-12-25

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在克隆白介素1β(IL-1β)全长cDNA,为深入研究其生物学功能提供全长cDNA信息和试验材料.本试验利用前人构建的布鲁氏菌强、弱毒株感染小尾寒羊白细胞层抑制性差减杂交(SSH)cDNA文库,获得小尾寒羊IL-1β部分cDNA序列信息,利用cDNA末端快速扩增技术(RACE),克隆小尾寒羊IL-1β全长cDNA,并申请GenBank登录号KC425612.2.该cDNA全长1494 bp,含有801 bp开放阅读框(ORF),可编码266个氨基酸残基,预测其编码蛋白分子质量为30.622 ku,与林麝、牛、海豚、虎鲸的IL-1β一致性较高,亲缘关系较近.

关键词: 白介素1β; 小尾寒羊; 克隆; 生物信息学; 分析

Abstract: This study was aimed at cloning the full length cDNA of interleukin 1 beta (IL-1β) and providing full length cDNA information and experimental materials for further research on its biology function. The full-length cDNA of IL-1β from Small-tailed Han sheep was cloned according to the SSH cDNA library, using 5'-RACE technique. The full cDNA sequence was obtained and indexed in GenBank database with the number of KC425612.2. The results showed that the full-length IL-1β cDNA consisted of 1494 bp nucleic acids with the ORF of 801 bp encoding 266 amino acid residues of the predicted protein molecular weight of 30.622 ku, and the predicted protein IL-1β of Small-tailed Han sheep showed high homology with those of Moschus berezovskii, Bos taurus, Tursiops truncate and Orcinus orca.

Key words: IL-1β; Small-tailed Han sheep; clone; bioinformatics; analysis

中图分类号:

S852.4

郭兴, 刘楠楠, 陈晓峰, 张文惠, 胡盼, 李岩松, 李兆辉, 王光明, 卢士英, 周玉, 柳增善, 任洪林. 小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析[J]. , 2014, 41(12): 20-24.

GUO Xing, LIU Nan-nan, CHEN Xiao-feng, ZHANG Wen-hui, HU Pan, LI Yan-song, LI Zhao-hui, WANG Guang-ming, LU Shi-ying, ZHOU Yu, LIU Zeng-shan, REN Hong-lin. Cloning and Bioinformatics Analysis of Interleukin 1 Beta Full-length cDNA of Small-tailed Han Sheep[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2014, 41(12): 20-24.

参考文献

1 任洪林,卢士英,周玉,等. 布鲁氏菌病的研究与防控进展[J]. 中国畜牧兽医,2009,36(9):139～143.
2 李闯,徐云明,唐峰,等. 小尾寒羊溶菌酶基因的克隆与差异表达分析[J]. 中国畜牧兽医,2013,40(3):19～22.
3 柳增善. 兽医公共卫生学[M]. 北京:中国轻工业出版社,2010.
4 Arend W P. The balance between IL-1 and IL-1Ra in disease[J]. Cytokine & Growth Factor Reviews, 2002, 13(4):323～340.
5 Cannella A P, Arlehamn C S L, Sidney J, et al. Brucella melitensis T cell epitope recognition in humans with brucellosis in Peru[J]. Infection and Immunity, 2014, 82(1):124～131.
6 Dinarello C A. Interleukin-1β[J]. Critical Care Medicine, 2005, 33(Suppl 12):S460～S462.
7 Dinarello C A. Immunological and inflammatory functions of the interleukin-1 family[J]. Annual Review of Immunology, 2009, 27:519～550.
8 Dinarello C A. A clinical perspective of IL-1β as the gatekeeper of inflammation[J]. European Journal of Immunology, 2011, 41(5):1203～1217.
9 March C J, Mosley B, Larsen A, et al. Cloning, sequence and expression of two distinct human interleukin-1 complementary DNAs[J]. Nature, 1984, 315(6021):641～647.
10 Santarlasci V, Cosmi L, Maggi L, et al. IL-1 and T helper immune responses[J]. Frontiers in Immunology, 2013, 4:182.
11 Selsted M E, Tang Y Q, Morris W L, et al. Purification, primary structures, and antibacterial activities of beta-defensins, a new family of antimicrobial peptides from bovine neutrophils[J]. Journal of Biological Chemistry, 1993, 268(9):6641～6648.
12 Tang F, Ren H L, Xu Y M, et al. Kinetics and cross-reactivity of the antibody in sheep inoculated with virulent and a virulent Brucella[J]. Journal of Animal and Veterinary Advances, 2012, 11(10):1564～1569.
13 van de Veerdonk F L, Netea M G, Dinarello C A, et al. Inflammasome activation and IL-1β and IL-18 processing during infection[J]. Trends in Immunology, 2011, 32(3):110～116.

[1]	郑好, 刘梦云, 王明玉, 董霞, 史良玉, 余博, 杨宇, 周傲, 陈星. 鸭ARHGDIB基因克隆、生物信息学及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(7): 3004-3015.
[2]	杨彦, 胡雁鸣, 丁健, 李犇, 何雨桐, 刘雪薇, 王佳文, 兰卓, 邱鸿宇, 高俊峰, 王春仁. 蟾蜍棒线虫线粒体全基因组特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(7): 3190-3201.
[3]	李指全, 傅思静, 徐舒平, 高萌若, 杨涛涛, 张志榜, 李凯, 李鹏成. 武夷黑猪HSPA5基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(7): 3214-3224.
[4]	蔡文静, 慈秋阳, 唐麟, 柳杭, 孙鑫铭, 陈洋, 姜怀志. FABP4基因在妊娠前后小尾寒羊乳腺中表达差异分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(7): 3234-3241.
[5]	陈旭珂, 普娜, 张玉霞, 赵文卿, 赵家欣, 黄俊程, 魏琳颖, 张艳艳, 孙艳, 薄新文, 王正荣. 细粒棘球绦虫MAPⅡ生物信息学分析及其在虫体不同阶段表达差异研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(7): 3286-3296.
[6]	杨泉, 李晓, 闫尊强, 王鹏飞, 黄晓宇, 高小莉, 杨巧丽, 滚双宝, 杨姣姣. 合作猪CXCL12基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2482-2493.
[7]	闪金研, 连凯琪, 马峻, 刘玉玲, 聂竹兰, 李斌顺, 彭仁海, 魏杰. 淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2717-2728.
[8]	魏黄思梧, 张兴艺, 黄校花, 刘昌锦, 武文杰, 沈政乔, 罗锋, 邓舜洲. 猪轮状病毒VP6蛋白的真核表达及单克隆抗体制备和应用[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2750-2761.
[9]	孟昭英, 靳换, 涂敏, 胡格, 章振华. 鸡补体受体Ⅱ蛋白兔多克隆抗体制备及鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2772-2780.
[10]	钟玮霖, 尧建辉, 魏晓琪, 颜广智, 陈盛楠, 刘明杰, 黄良宗. 广东某规模化猪场PCV2d感染的诊断与遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(6): 2781-2789.
[11]	管凇, 施力光, 林雨, 蒋剑箫, 武洪志, 彭维祺. 海南黑山羊GDF9基因nsSNP功能性预测及与产羔数的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2166-2176.
[12]	李天秀, 李昕鹏, 董新星, 兰国湘, 严达伟, 朱家位. 丽江猪HMOX2基因扩增、序列分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2219-2231.
[13]	刘敏, 程淮, 郑珍珍, 张梦思, 张贺伟, 任静强. 犬副流感病毒N蛋白的真核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2287-2294.
[14]	苗娜, 乔嘉坤, 杨慧, 韩萍萍, 许方军, 车兆轩, 代翔毓, 徐明航, 龙志伟, 朱猛进. 杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪免疫性状全基因组关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(4): 1455-1467.
[15]	胡慧慧, 付盼盼, 李杰, 闫尊强, 高小莉, 杨姣姣, 黄晓宇. 合作猪TRIF基因CDS区克隆鉴定及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(4): 1478-1487.