海南黑山羊小分子热休克蛋白9 cDNA克隆及其生物信息学分析

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (10): 56-60.

海南黑山羊小分子热休克蛋白9 cDNA克隆及其生物信息学分析

施力光, 曹婷, 侯冠彧, 周汉林, 黄显洲, 荀文娟

中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所, 海南儋州 571737

收稿日期:2013-03-13 出版日期:2013-10-20 发布日期:2013-12-19
通讯作者: 荀文娟 E-mail:xunwenjuan991@163.com
作者简介:施力光(1983-),男,山西人,博士,助理研究员,研究方向:动物遗传育种与繁殖。
基金资助:
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所)(1630032012022)。

Cloning and Bioinformatics Prediction of Small Heat Shock Protein cDNA in Hainan Black Goat

SHI Li-guang, CAO Ting, HOU Guan-yu, ZHOU Han-lin, HUANG Xian-zhou, XUN Wen-juan

Tropical Crops Genetic Resources Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China

Received:2013-03-13 Online:2013-10-20 Published:2013-12-19

摘要/Abstract

摘要： 本研究以海南黑山羊睾丸组织为材料,利用RT-PCR和RACE技术获得海南黑山羊小分子热休克蛋白9(small heat shock protein 9,Hspb9)基因完整的CDS序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆得到山羊Hspb9 cDNA 长549 bp,CDS区471 bp,共编码157个氨基酸,提交至GenBank数据库中,登录号为:JX088726。生物信息学分析结果表明,Hspb9编码的蛋白无跨膜区和信号肽,存在多个磷酸化位点;预测Hspb9蛋白二级结构α-螺旋占15.28%,β-折叠占30.57%,无规则卷曲占54.15%;存在1个UBQ结构域;Clustel W方法比对山羊Hspb9与绵羊、牛的同源性最高。

关键词: 小分子热休克蛋白9; 海南黑山羊; cDNA克隆; 生物信息学分析

Abstract: RACE and RT-PCR were used to clone the full length of small heat shock protein 9 coding sequence from Hainan Black goat testis and the bioinformatics analysis was performed. The results showed that the full length of Hspb9 cDNA was 549 bp, including 471 bp in CDS which encoded a protein of 157 amino acids. The sequence was submitted to GenBank,Accession No. was JX088726. It had no trans-membrane region and signal peptide of the Hspb9 protein. There were several phosphpryiation sites in the sequence. The protein contained 15.28% of α-helix,30.57% of β-sheet, and 54.15% of coil. An ubiquitin domain (UBQ) was also predicted. The Clustel W alignment results showed that goat Hspb9 had a close relationship with sheep and cattle.

Key words: small heat shock protein 9; Hainan Black goat; cDNA cloning; bioinformatics analysis

中图分类号:

Q785

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