宣和猪ADRP和FASN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2026.02.033

摘要/Abstract

摘要：

目的筛选宣和猪脂肪分化相关蛋白（adipose differentiation-related protein， ADRP）和脂肪酸合成酶（fatty acid synthase， FASN）基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点，并揭示SNP位点与宣和猪肉质性状的关联性。方法以120头宣和猪为试验对象，系统测定了其肉色、大理石纹、pH₁、滴水损失和肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）含量等肉质性状指标，对ADRP和FASN基因进行PCR扩增及Sanger测序，筛选SNP位点，并基于最小二乘模型对各SNP位点不同基因型与宣和猪肉质性状进行关联分析。结果在ADRP基因第8外显子存在3个SNPs位点，其中rs325276230位点为同义突变，rs321564137和rs81217193位点为错义突变，其优势基因型分别为AA、AA和GG，优势等位基因分别为A、A和G，3个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。在FASN基因中共检出6个SNPs位点，包含4个同义突变位点（rs337531100、rs324640280、rs81478148、rs319161464）和2个错义突变位点（rs337267671、rs342967881），其优势基因型分别为TC、CC、TT、GG、GG和CT，优势等位基因分别为C、C、T、G、G和T，其中rs81478148位点偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）。关联分析结果显示，ADRP与FASN基因SNP位点与宣和猪肉质性状存在显著关联，其中，ADRP基因rs325276230位点AA基因型个体的IMF含量、大理石纹、pH₁极显著或显著高于GG基因型（P<0.01；P<0.05）；rs321564137位点AA基因型个体的IMF含量显著高于AG基因型，肉色显著低于AG基因型（P<0.05）；rs81217193位点GG基因型个体的IMF含量显著高于GA与AA基因型（P<0.05）。FASN基因rs337531100位点CC基因型个体的IMF含量显著高于TT与TC基因型（P<0.05）；rs324640280位点TT基因型个体的肉色显著高于CT基因型（P<0.05）；rs81478148位点CT基因型个体的肉色、pH₁及滴水损失极显著或显著高于TT基因型（P<0.01；P<0.05）；rs319161464位点AA基因型个体的pH₁显著低于GG和GA基因型（P<0.05）；rs337267671位点GG基因型个体的大理石纹显著高于GA与AA基因型（P<0.05）；rs342967881位点TT基因型个体的IMF含量与大理石纹均显著高于CC基因型（P<0.05）。结论 ADRP和FASN基因SNP位点与宣和猪肉质性状存在显著关联，其中ADRP基因的rs325276230、rs321564137、rs81217193位点及FASN基因的rs337531100和rs342967881位点可作为改善宣和猪IMF含量的潜在分子标记。

关键词: 宣和猪; ADRP基因; FASN基因; 单核苷酸多态性; 肉质性状

Abstract:

Objective This study aimed to screen single nucleotide polymorphism （SNP） of adipose differentiation-related protein （ADRP） and fatty acid synthase （FASN） genes in Xuanhe pigs， and reveal the association between SNP and meat quality traits in Xuanhe pigs. Method The meat quality traits in 120 Xuanhe pigs， including meat color， marbling， pH₁， drip loss， and intramuscular fat （IMF） content， were systematically measured. Furthermore， PCR amplification and Sanger sequencing were performed on ADRP and FASN genes， and the association between different genotypes at each SNP and meat quality traits in Xuanhe pigs was analyzed using a least squares model. Result Three SNPs were identified in exon 8 of ADRP gene， among which rs325276230 was synonymous mutation， and rs321564137 and rs81217193 were missense mutation， with dominant genotypes AA， AA， and GG， and dominant alleles A， A， and G， respectively. Three SNPs were in Hardy-Weinberg equilibrium （P>0.05）. Six SNPs were detected in FASN gene， including 4 synonymous mutation sites （rs337531100， rs324640280， rs81478148， and rs319161464） and 2 missense mutation sites （rs337267671 and rs342967881）. The dominant genotypes were TC， CC， TT， GG， GG， and CT， corresponding to dominant alleles C， C， T， G， G， and T， respectively. rs81478148 was deviated from Hardy-Weinberg equilibrium （P<0.01）. The association analysis results demonstrated that SNP of ADRP and FASN genes were significantly associated with meat traits in Xuanhe pigs. The IMF content， marbling， and pH₁of AA genotype at rs325276230 of ADRP gene were extremely significantly or significantly higher than those of GG genotype （P<0.01 or P<0.05）. The IMF content of AA genotype at rs321564137 was significantly higher than that of AG genotype， and the meat color of AA genotype was significantly lower than of AG genotype （P<0.05）. The IMF content of GG genotype at rs81217193 was significantly higher than that of GA and AA genotypes （P<0.05）. The IMF content of CC genotype at rs337531100 of FASN gene was significantly higher than that of TT and TC genotypes （P<0.05）. The meat color of TT genotype at rs324640280 was significantly higher than of CT genotype （P<0.05）. The meat color， pH₁， and drip loss of CT genotype at rs81478148 were extremely significantly or significantly higher than those of TT genotype （P<0.01 or P<0.05）. pH₁ of AA genotype at rs319161464 was significantly lower than that of GG and GA genotypes （P<0.05）. The marbling of GG genotype at rs337267671 was significantly higher than that of GA and AA genotypes （P<0.05）. The IMF content and marbling of TT genotype at rs342967881 were significantly higher than those of CC genotype （P<0.05）. Conclusion SNP of ADRP and FASN genes were significantly associated with meat quality traits in Xuanhe pigs， among which rs325276230， rs321564137， and rs81217193 of ADRP gene， and rs337531100 and rs342967881 of FASN gene could be used as potential molecular markers to improve the IMF content of Xuanhe pigs.

Key words: Xuanhe pigs; ADRP gene; FASN gene; single nucleotide polymorphism; meat quality trait

中图分类号:

S813.3

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图/表 10

表1

表2

图1

图2

图3

图4

表3

表4

表5

表6

FASN基因SNP位点不同基因型与宣和猪肉质性状的关联分析"

SNPs	基因型 Genotypes	IMF含量 IMF content/%	肉色 Meat color/分	大理石纹 Marbling/分	pH₁	滴水损失 Drip loss/%
rs337531100	TT	2.79±0.20^b	3.97±0.17	2.53±0.17	6.53±0.07	2.76±0.34
	TC	2.85±0.11^b	3.85±0.10	2.61±0.09	6.46±0.04	2.56±0.19
	CC	3.18±0.16^a	3.83±0.13	2.87±0.13	6.53±0.06	2.61±0.26
	a	0.33±0.19	―0.03±0.16	0.26±0.16	0.07±0.07	0.05±0.32
	d	―0.23±0.22	0.13±0.19	―0.21±0.19	0.03±0.08	0.18±0.38
rs324640280	CC	2.95±0.10	3.87±0.08^ab	2.63±0.08	6.48±0.04	2.60±0.17
	CT	2.81±0.18	3.79±0.14^b	2.73±0.14	6.55±0.06	2.57±0.28
	TT	3.37±0.63	4.75±0.54^a	3.00±0.53	6.25±0.23	3.21±1.05
	a	0.41±0.64	0.88±0.55	0.37±0.54	―0.23±0.24	0.60±1.07
	d	―0.35±0.37	―0.52±0.31	―0.09±0.30	0.19±0.13	―0.33±0.60
rs81478148	CC	2.71±0.32	3.94±0.26^ABab	2.13±0.26^b	6.71±0.12^a	2.19±0.52^b
	CT	2.92±0.21	4.43±0.17^Aa	2.89±0.17^a	6.52±0.08^a	3.30±0.35^a
	TT	2.95±0.10	3.75±0.08^Bb	2.67±0.08^a	6.47±0.04^b	2.51±0.16^b
	a	―0.03±0.23	0.68±0.19^*	0.22±0.19	0.05±0.08	0.79±0.39^*
	d	―0.23±0.34	―0.15±0.28	―0.65±0.28^*	0.21±0.12	―0.72±0.55
rs319161464	GG	2.96±0.10	3.89±0.08	2.65±0.08	6.49±0.04^a	2.63±0.17
	GA	2.83±0.18	3.74±0.14	2.69±0.14	6.55±0.06^a	2.52±0.28
	AA	3.00±0.52	4.48±0.44	2.84±0.43	6.10±0.19^b	2.74±0.86
	a	0.04±0.53	0.60±0.45	0.19±0.44	―0.38±0.19^*	0.11±0.88
	d	―0.14±0.32	―0.44±0.27	―0.05±0.26	0.25±0.11^*	―0.17±0.52
rs337267671	GG	2.99±0.12	3.82±0.10	2.84±0.09^a	6.49±0.04	2.59±0.19
	GA	2.90±0.13	3.90±0.11	2.50±0.10^b	6.47±0.05	2.62±0.21
	AA	2.42±0.40	4.14±0.35	2.09±0.33^b	6.72±0.15	2.67±0.75
	a	―0.57±0.42	0.32±0.36	―0.75±0.34^*	0.22±0.15	0.08±0.77
	d	0.20±0.24	―0.09±0.21	0.04±0.20	―0.14±0.09	―0.01±0.44
rs342967881	CC	2.64±0.21^b	4.13±0.18	2.42±0.17^b	6.56±0.08	2.87±0.36
	CT	2.93±0.12^ab	3.85±0.10	2.65±0.09^a	6.47±0.04	2.54±0.19
	TT	3.09±0.16^a	3.75±0.13	2.84±0.13^a	6.49±0.06	2.59±0.26
	a	―0.44±0.26	0.38±0.22	―0.42±0.22^*	0.07±0.10	0.28±0.45
	d	0.07±0.17	―0.09±0.15	0.02±0.14	―0.06±0.06	―0.19±0.29

表6

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引物 Primers	引物序列 Primer sequences （5'→3'）	位置 Location	产物大小 Size of product/bp
ADRP	F： AGGGTTGTTTGTGAGGATTTT R： GCTAGGCTCTGACCAGTCTGT	内含子8、外显子8	763
FASN-1	F： CTGGCCTCAGGCAGAGGGTCTG R： TTGTGAAATGTGACCTGCCCGAG	内含子2、外显子3	554
FASN-2	F： TCCTTGTGACCTGTTTTCCGTTCC R： CGGCGGGAGGTTGTCAGGAAG	内含子3、外显子4、内含子5	421
FASN-3	F： CGGACAGCAGCCGAGACCCTT R： ACGGCCTCCGCACGGCAATAG	外显子5、内含子、外显子6	500
FASN-4	F： GGGGTAATGGTAGGCGTGAGGG R： ACAGGGAAGAGGGGCTGGGAC	外显子21、内含子22、外显子22	657

引物 Primers	预变性 Pre-denaturation	变性 Denaturation	退火 Annealing/℃	延伸 Extension	循环 Cycles/个	再延伸 Extension
ADRP	94 ℃ 5 min	94 ℃ 40 s	61	72 ℃ 40 s	35	72 ℃ 7 min
FASN-1	94 ℃ 5 min	94 ℃ 35 s	69	72 ℃ 35 s	35	72 ℃ 7 min
FASN-2	94 ℃ 5 min	94 ℃ 35 s	69	72 ℃ 35 s	35	72 ℃ 7 min
FASN-3	94 ℃ 5 min	94 ℃ 35 s	65	72 ℃ 35 s	35	72 ℃ 7 min
FASN-4	94 ℃ 5 min	94 ℃ 42 s	68	72 ℃ 42 s	35	72 ℃ 7 min

SNPs	基因型 Genotypes	IMF含量 IMF content/%	肉色 Meat color/分	大理石纹 Marbling/分	pH₁	滴水损失 Drip loss/%
rs325276230	AA	3.06±0.10^Aa	3.84±0.08	2.73±0.08^a	6.50±0.04^Aa	2.60±0.16
	AG	2.58±0.16^Bb	4.01±0.14	2.53±0.13^a	6.51±0.06^Aa	2.68±0.27
	GG	2.42±0.62^Bb	3.00±0.54	1.75±0.52^b	5.80±0.23^Bb	1.97±1.05
	a	―0.64±0.62	―0.84±0.54	―0.98±0.53^*	―0.70±0.23^**	―0.63±1.06
	d	―0.16±0.35	0.59±0.30	0.29±0.29	0.35±0.13^**	0.39±0.60
rs321564137	AA	3.00±0.09^a	3.81±0.08^b	2.69±0.08	6.49±0.03	2.64±0.15
	AG	2.38±0.23^b	4.27±0.20^a	2.49±0.20	6.49±0.09	2.39±0.39
	a	/	/	/	/	/
	d	/	/	/	/	/
rs81217193	GG	3.04±0.10^a	3.84±0.09	2.69±0.08	6.50±0.04	2.56±0.17
	GA	2.55±0.17^b	4.00±0.15	2.60±0.14	6.49±0.06	2.82±0.29
	AA	2.99±0.29^b	3.75±0.26	2.55±0.25	6.37±0.11	2.39±0.50
	a	―0.05±0.31	―0.09±0.27	―0.15±0.26	―0.13±0.12	―0.18±0.52
	d	―0.47±0.23^*	0.21±0.20	―0.02±0.19	0.06±0.08	0.35±0.38