2株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因序列分析

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (10): 49-52.

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因序列分析

张民泽¹, 闫明菲¹, 谢杰雄¹, 黄震¹, 曹宗喜², 吴欣伟¹, 郭泗虎¹, 张桂红¹

1. 华南农业大学兽医学院,广东广州 510642;
2. 海南省农业科学院畜牧兽医研究所,海南海口 571100

收稿日期:2012-03-08 出版日期:2012-10-20 发布日期:2012-10-19
通讯作者: 张桂红(1968-),女,教授,博导。E-mail:guihongzh@scau.edu.cn E-mail:guihongzh@scau.edu.cn
作者简介:张民泽(1988-),男,内蒙古人,硕士生,研究方向:动物病毒分子生物学。
基金资助:
现代农业产业技术体系建设专项资金资助(CARS-36)。

Sequence Analysis of Complete Genome of Two Strains of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus

ZHANG Min-ze¹, YAN Ming-fei¹, XIE Jie-xiong¹, HUANG Zhen¹, CAO Zong-xi², WU Xin-wei¹, GUO Si-hu¹, ZHANG Gui-hong¹

1. College of Veterinary Medicine, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China;
2. Institute of Animal Husbandry and Veterinary Research, Hainan Academy of Agricultural Sciences, Haikou 571100, China

Received:2012-03-08 Online:2012-10-20 Published:2012-10-19

摘要/Abstract

摘要： 利用RT-PCR分段扩增的方法,扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)中山分离株(ZS-GD株)、珠海分离株(ZH-GD株)覆盖全长基因组的10个片段,分别克隆入pMD18-T载体进行序列测定,获得了PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株基因组全长15320 bp的核苷酸序列。利用生物信息学软件对PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株全基因组序列进行了遗传进化分析,结果显示PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株与美洲型参考株的核苷酸序列相似性分别为88.1%~97.8%和88.4%~98.0%;与欧洲型参考株(Lelystad)的核苷酸序列相似性分别为60.6%和60.4%,且在2株毒的Nsp2蛋白上有30个aa的缺失,表明PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株均为美洲型分离株的缺失变异株。

关键词: PRRSV; 基因组; 序列测定; 分析

Abstract: Ten gene fragments contains two strains of porcine reproductive and respiratory syndrome virus which were designated ZS-GD strain and ZH-GD strain complete genome were amplified respectively by RT-PCR, and cloned into pMD18-T vector for sequencing. Phylogenetic analysis of two strains of PRRSV complete genome sequence by bioinformatics software showed that the complete genome of ZS-GD and ZH-GD were 15320 bp, the genome of ZS-GD strain and ZH-GD strain shared 88.1% to 97.8% and 88.4% to 98.0% of nucleotide homology with American type strain, respectively; shared 60.6% and 60.4% of nucleotide homology with Europe type strain(Lelystad virus). There were 30aa depletion in Nsp2 protein of two stains. The results showed that these two strains were depletion and variant strain of American type.

Key words: PRRSV; genome; sequencing; analysis

中图分类号:

张民泽, 闫明菲, 谢杰雄, 黄震, 曹宗喜, 吴欣伟, 郭泗虎, 张桂红. 2株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因序列分析[J]. , 2012, 39(10): 49-52.

ZHANG Min-ze, YAN Ming-fei, XIE Jie-xiong, HUANG Zhen, CAO Zong-xi, WU Xin-wei, GUO Si-hu, ZHANG Gui-hong. Sequence Analysis of Complete Genome of Two Strains of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2012, 39(10): 49-52.

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